В общем случае, источниками загрязнения поверхностных и подземных вод являются:

неочищенные или недостаточно очищенные производственные и бытовые сточные воды;

поверхностный сток с промплощадок; фильтрационные утечки вредных веществ из емкостей, трубопроводов и других сооружений;  аварийные сбросы и проливы сточных вод на сооружениях и промышленных объектах; осадки, выпадающие на поверхность водных объектов и содержащие пыль и загрязняющие вещества от промышленных выбросов.

В целях рационального использования и охраны поверхностных вод предприятие должно обеспечить. Наличие лицензии и договора на пользование водным объектом и соблюдение их условий; содержание в исправном состоянии очистных, гидротехнических и других водохозяйственных сооружений и технических устройств; наличие контрольно-измерительной аппаратуры по определению качества забираемой и сбрасываемой в водный объект воды и соблюдение сроков ее государственной аттестации. Организацию учета забираемых, используемых и сбрасываемых вод, количества загрязняющих веществ в них, а также систематические наблюдения за водными объектами и их водоохранными зонами; соблюдение установленных лимитов забора воды и сброса сточных вод;

разработку инженерных мероприятий по предотвращению аварийных сбросов неочищенных или недостаточно очищенных сточных вод, по обеспечению экологически безопасной эксплуатации водозаборных сооружений и водных объектов; соблюдение установленного режима использования водоохранных зон.

Для промышленных предприятий в пределах водоохранных зон запрещаются:

размещение складов ядохимикатов; складирование мусора;  заправка топливом, мойка и ремонт механизмов; размещение стоянок транспортных средств; проведение без согласования строительства и реконструкции зданий.

Для каждого предприятия-водопользователя производится нормирование сбросов загрязняющих веществ со сточными водами в водные объекты путем установления предельно допустимых сбросов загрязняющих веществ (ПДС) и планов мероприятий по достижению уровня ПДС со сроками их реализации.

Нормативы предельно допустимых сбросов (ПДС) устанавливаются для каждого выпуска сточных вод действующего предприятия исходя из условий недопустимости превышения предельно допустимых концентраций вредных веществ (ПДК) в контрольном створе или на участке водного объекта с учетом его целевого использования

Разработанные нормативы ПДС согласовываются с территориальными органами санитарно-эпидемиологического надзора и утверждаются территориальным (бассейновым) органом МПР России. Нормативы допустимых сбросов в окружающую среду со сточными водами устанавливаются на срок не более 5 лет. На основании норматива допустимых сбросов водопользователю ежегодно выдается разрешение на сброс загрязняющих веществ.